Cette crypte daterait du XIIIème siècle. Elle constituerait, avec la porte du Moustier Péronne, le dernier témoin du monastère de Fulbert Ier, qui obtint de Dagobert 1er la terre de Milly pour « services rendus au roi ». Son fils Wulfran y naquit vers l’an 635. Entré en religion, il devient l’apôtre de la Frise (province des Pays-Bas), puis évêque de Sens avant de se retirer à Saint-Wandrille où il meurt en 720. Quelques-uns de ses ossements sont conservés dans un reliquaire à l’église Notre-Dame de Milly-la-Forêt.